ngày 28 tháng 7 năm 2011
Một kết nối chip khoai tây: Nhà sinh vật bóng đá số dữ liệu thách thức các đồng nghiệp với ý tưởng 'betcha không thể chỉ một' bộ gen
Được gửi bởi Truyền thông và Tiếp thị
5489_5680
"Tôi đã nói đùa rằng bộ gen giống như khoai tây chiên của Lay-không ai có thể sắp xếp một," Susan J. Brown, giáo sư sinh bóng đá số dữ liệu và giám đốc của Trung tâm bộ gen arthropod tại K-State nói. "Ý tưởng là khi bạn sắp xếp một bộ gen, bạn muốn sắp xếp một bộ gen khác có liên quan chặt chẽ và so sánh chúng."
bóng đá số dữ liệu bộ gen về cơ bản là bản thiết kế của bóng đá số dữ liệu sinh vật. Nó được tạo thành từ các chuỗi DNA và tất cả các gen của sinh vật, chứa thông tin di truyền cho các đặc điểm của chúng.
"Trong mỗi bộ gen, có tất cả các gen này mà các nhà khoa bóng đá số dữ liệu không biết gì về", Brown nói. "Nhưng khi, ví dụ, bạn thay đổi nguồn thức ăn của một sinh vật, tất cả các gen đột ngột được thể hiện.
Brown Nghiên cứu bộ gen của Tribolium castaneum, Bọ cánh cứng đỏ và đã giúp biến bọ thành một sinh vật mô hình cho các nhà di truyền bóng đá số dữ liệu. Chuyên môn của cô về genomics và tin sinh bóng đá số dữ liệu của cô đã dẫn đến việc cô được mệnh danh là thành viên năm 2011 của Hiệp hội côn trùng bóng đá số dữ liệu Hoa Kỳ vào tháng Bảy.
I5K là một sáng kiến để sắp xếp bộ gen của 5.000 côn trùng và động vật chân đốt trong năm năm tới. Nó được giới thiệu trong một lá thư cho biên tập viên trên tạp chí Khoa bóng đá số dữ liệu tháng 3 và được gọi là "Dự án côn trùng bóng đá số dữ liệu Manhattan."
"Có thông tin có sẵn từ tất cả các bộ gen côn trùng sẽ cho phép chúng ta hiểu sinh bóng đá số dữ liệu cơ bản của côn trùng tốt hơn để chúng ta có thể cố gắng kiểm soát chúng", Brown nói. I5K dự kiến sẽ biến đổi nghiên cứu về sinh bóng đá số dữ liệu côn trùng, dịch hại và vector, và cũng cải thiện chất lượng cuộc sống cho con người, vì nhiều loài côn trùng bóng đá số dữ liệu gây ra các mối đe dọa đối với sức khỏe, nguồn cung cấp thực phẩm và kinh tế.
Mặc dù việc giải trình tự 5.000 bộ gen côn trùng và arthropod mới không phải là một số lượng nhỏ, công nghệ giải trình tự hiện tại nhanh hơn và giá cả phải chăng hơn so với một thập kỷ trước, Brown nói. Điều này đã làm tăng sự hấp dẫn của trình tự bộ gen và đã kết hợp một số nhà nghiên cứu và phòng thí nghiệm mới trong nỗ lực mở rộng cơ sở dữ liệu bộ gen của côn trùng bóng đá số dữ liệu.
Brown gần đây cũng đã giúp bắt đầu Agripestbase, một cơ sở dữ liệu trực tuyến cho các nhà nghiên cứu có chứa bộ gen được giải trình tự của các loài côn trùng gây hại khác nhau. Các nhà nghiên cứu có thể tải xuống trình tự gen, protein hoặc thậm chí một bộ gen cũng như đăng và chỉnh sửa thông tin về các gen cụ thể - tương tự như một wiki tinh vi, nhưng phù hợp với cộng đồng khoa bóng đá số dữ liệu.
Agripestbase hiện bao gồm bóng đá số dữ liệu bộ gen của Tribolium castaneum, Bọ cánh cứng màu đỏ; Người phá hủy Mayetiola, con ruồi Hessian;
Mỗi côn trùng trong cơ sở dữ liệu được liên kết với nghiên cứu côn trùng bóng đá số dữ liệu đang được thực hiện trong các phòng thí nghiệm K-State khác nhau-một số trong đó đang nghiên cứu và nhắm mục tiêu miễn dịch côn trùng và exoskeleton.
Brown cho biết cuối cùng cô muốn i5k và agripestbase truyền cảm hứng cho các nhà sinh bóng đá số dữ liệu, nhà côn trùng bóng đá số dữ liệu và nhà nghiên cứu không quen thuộc với bộ gen và quá trình giải trình tự để thử giải trình tự côn trùng.
Mặc dù bóng đá số dữ liệu khi họ làm vậy, cô hy vọng họ thấy khó chỉ để sắp xếp bóng đá số dữ liệu.